Você é Jak, um herói silencioso em formação. Jak e o ajudante Daxter estão brincando na Ilha Nebulosa um pouquinho perto de um poço de Dark Eco. Daxter cai e rasteja para fora parecendo uma lontra e doninha fundidas. Os dois visitam o sábio local da aldeia, o Sábio Verde, para transformá-lo de volta. Mas os Portos Mágicos de uma ilha para outra fecharam e a única maneira de alcançar os sábios mais experientes que poderiam ajudá-lo é embarcar em uma aventura, é claro. Em todas as regiões, há uma estranha conspiração em torno do conceito de Eco que adiciona outra camada ao jogo. Dark Eco é mortal ou pelo menos místico e estranho. O mundo de Jak and Daxters está repleto de todos os tipos do elemento misterioso conhecido como Eco. Green Eco dá vida e está contida em baús e recipientes em todos os muitos ambientes que a dupla encontra. O Eco Azul fornece velocidade de energia e abre portas e o Eco Vermelho e Amarelo também fornecem energia e a capacidade de lançar bolas de fogo. Corridas, uma coleção de minijogos, perseguições de inimigos e eventos cronometrados fazem parte da jogabilidade.